Contrairement à ce que l'on peut appeler "microbiologie industrielle" dans laquelle on laisait la traznsformation de réaliser sans intervention, les biotechnologies prétendent contrôler le processus.

Ce contrôle est censé s'exercer sur les conditions de culture du microorganisme ou des cellules eucaryotes. Ceci comprend :       - le choix d'un récipient de taille (de moins d'un litre à quelques centaines de miliers de litres, voir çi-dessus)  et de forme adaptée (cylindrique, tubulaire ; fond sphérique ou conique, ..)       - le choix et le maintien de conditions de culture les plus adaptées :               * paramètres physiques : température régulée, degré d'homogénéité ;                            * paramètres physico-chimiques : pH et  force ionique régulés ;               * paramètres chimiques : suivi et parfois maintien de la concentration  de certains substrats ou métabolites (en particulier, oxygène

Un point particulièrement critique est celui de l'alimentation en substrat : celle ci peut être discontinue (cas du schéma cis-dessus) , semi continue ou continue .... 

La mise en oeuvre  de ce contrôle nécessite donc des récipients particuliers pour vus de dispositifs d'agitation et  de régulation de température, de pH, de concentration en oxygène, ...  Pour cela, les cuves utilisées (fermenteurs, bioréacteurs, cytoculteurs, selon le type de matériel biologique servant de (bio)cartalyseur) sont pourvus de dispositifs d'agitation et de capteurs.

De plus l'ensemble de l'installation est sous la dépendance d'odinateurs qui permettent de visualiser les valeurs des divers paramètres et d'en assurer la régulation (possibilité de modofier la valeur des points de consigne en fonction du temps).